教会体制：

教会的运作体制通常有三种：

主教制：

如天主教、圣公会、卫理公会等，呈金字塔型，下级服从上级，神职人员的调配由上一级决定。

会众制：

如浸信会、播道会等。会众制教会的决策权在多数会友的手中，与现今社会上的民主制度相似。

长老制：

美国长老教会既属于长老制。教会在牧师带领的下，由会众选举产生的长老组成的长老团共同管理教会事务，牧师是当然的议长。这种“民主集中制”的体制，在尽可能的范围内，既避免主教制所产生的集权偏差，又不至于导致会众制所常见的牧师职权的“架空”，因而失去了属灵的导向，是目前所知最接近圣经的教会体制。美国的繁荣昌盛，既是美国政府采用长老教会管理体制的最好的诠释。

牧师的按立：

长老会对牧师的按立一直有十分严格的程序。目前，候选人须先由教会推荐给区会，再经过美国长老会全国大会严格审定的心理咨询师进行心理考核。合格者再推荐给区会审核。通过之后，候选人则进入美国长老会认可的神学院进行神学装备，并获得道学硕士学位。除此之外，候选人还需要在医院实习住院牧师（Chaplin）并获得证书。之后，还要通过五门长老会的按牧考试，即圣经知识、改革宗神学、教会法规、改革宗的敬拜与圣礼和原文释经（任选希腊文或希伯来文）。完成了以上项目之后，才具备了应聘资格(Certified Ready)，待有教会聘用时，即举行按立典礼，通常为周六或周日下午。

会员制度：

美国长老教会采用教会会员制度。会员拥有选举和被选举权。通常，由三种途径成为教会的会员，即受洗、申请和转会。

牧师的会籍（牧籍）归属于聘用教会所属的区会，归区会统一管理，所以，不算作教会的会员。如牧师和教会产生冲突，由区会协调解决，教会不可以任意解聘牧师。这是与会众制教会在牧师和教会关系上的重大区别。

教会的产业：

美国长老会所属教会的所有不动产皆归区会所有，不经区会同意，不得转售。

教会法规和信仰手册

美国长老教会与其他宗派的区别的本质区别为教会拥有本宗派指导教会管理和信条的教会法规（Book of Order）和信仰手册（Book of Confessions）。教会法规的内容分三大部分：管理、敬拜和惩戒。信仰手册则包括教会历史上与异端斗争所产生的信仰总结，即：尼西亚信经、使徒信经、苏格兰信仰告白、海德堡教理问答、第二赫尔维地克信仰告白、韦斯敏斯特信仰告白、小教理问答、大教理问答、巴门神学宣言、1967年信仰告白和美国长老教会简要信仰声明等11部信条。